Отказ в государственной регистрации возможен в случаях: непредставления заявителем всех необходимых документов, предоставления документов в ненадлежащий орган регистрации либо с несоблюдением нотариальной формы, а также в случае предоставления недостоверных сведений о регистрируемом юридическом лице.
Решение об отказе принимается налоговым органом (а именно МИФНС №46 по г. Москве) не позднее установленного законом срока для государственной регистрации (5 дней с момента представления документов). Решение об отказе имеет установленную форму (Р50001), сопровождается подписью специалиста и печатью регистрирующего органа. Оно также обязано содержать основания для отказа и ссылаться на конкретные нарушения. Решение об отказе выдается заявителю на руки и может быть обжаловано в судебном порядке.
После получения отказа в регистрации заявитель также может исправить указанные в документе нарушения и начать процедуру регистрации заново, повторно внеся госпошлину установленного размера и подготовив новый пакет документов.